1. กลุ่มอำนวยการและแผนงาน มีหน้าที่และความรับผิดชอบ ดังนี้
2. ปฏิบัติงานบริหารทั่วไปของสำนักงาน
3. ปฏิบัติงานช่วยอำนวยการของสำนักงาน
4. ให้คำปรึกษา แนะนำ และดำเนินการเกี่ยวกับงานต้านกฎหมาย กฎ ระเบียบ ประกาศ และข้อบังคับที่อยู่ในความรับผิดชอบ
5. ศึกษา วิเคราะห์ และจัดทำแผนงาน งบประมาณและโครงการของสำนักงานรวมทั้งการติดตามประเมินผลการดำเนินงาน
6. ศึกษาวิเคราะห์ความเป็นไปได้เพื่อเสนอแนะแนวทางการจัดทำและประสานแผนการปฏิบัติงานของกรมให้สอดคล้องกับความต้องการในเขตพื้นที่รับผิดชอบ
7. ศึกษา วิเคราะห์ วางแผนและจัดทำแผนงานหรือโครงการในการป้องกันหรือแก้ไขปัญหาซึ่งอาจจะมีผลกระทบต่อร่องน้ำทางเดินเรือ ตสิ่งหรือชายฝั่ง ที่อยู่ในเขตพื้นที่รับผิดชอบ
8. ศึกษา วิเคราะห์ และเสนอแนะแนวทางหรือมาตรการด้านความปลอดภัยในการจัดระบบการขนส่งทางน้ำในเขตพื้นที่รับผิดชอบ
9. ดำเนินการเกี่ยวกับกรจัดเก็บ ประมวลข้อมูลของสำนักงานเชื่อมโยงกับกรมเพื่ออำนวยความสะดวกแก่ประชาชนและส่วนราชการที่เกี่ยวข้อง
10. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

2.สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคสาขา มีหน้าที่และความรับผิดชอบ ดังนี้

1.รับผิดชอบงานตรวจการขนส่งทางน้ำ งานตรวจเรือ งานทะเบียนเรือและงานคนประจำเรือในเขตพื้นที่รับผิดชอบ

2.ปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย